Chó Malta xuất thân là giống chó lao động, cực kỳ hoạt bát, nhanh nhẹn và thân thiện trái với vẻ ngoài của một giống chó quý tộc, kiêu sa. Chúng có giữ một vai trò trong các nền văn minh Ai Cập, Hy Lạp, La Mã. Chó Malta phát triển quanh khu vực Địa Trung Hải cho đến thế kỷ 15, khi chúng tìm được vị trí trong giới quý tộc Pháp.

Sau đó đến quốc đảo Anh vào thế kỷ 16 dưới thời vua Henry VIII, và trở thành giống chó yêu thích của quý tộc Anh và nhiều Nữ hoàng. Đến thế kỷ 17–18, chó Malta đã gần như tuyệt chủng do các nhà lai tạo cố gắng làm vừa lòng giới quý tộc bằng cách lai tạo cho giống chó nhỏ hơn, chỉ bằng kích thước con sóc. Sự lai tạo này đã làm mất đi nguồn gen tinh khiết và khiến Chó Malta gần như biến mất. Sau nhiều nỗ lực khôi phục giống và bảo tồn, Chó Malta dần hồi phục vào giữa thế kỷ 18, và phát triển bùng nổ vào thế kỷ 20 trên đất Mỹ.